Mira Okshevsky er ph.d.-studerende. Hun er fra Canada og er dermed en af de mange udenlandske ph.d. studerende, der har sin daglige gang på iNANO. Hendes ph.d. projekt handler om at forstå den leveform af bakterier, der kaldes biofilm.

Hvad er en biofilm?

En biofilm er en koloni af bakterier, der lever sammen i en form for bakterie-samfund. Biofilm gror ofte på grænseovergangen mellem fast stof og væske (fx på overgangen mellem plastik og vand). Bakterierne i en biofilm bliver beskyttet over for udefrakommende påvirkninger såsom antibiotika ved at være indkapslet i en masse, der kaldes den extracellulære polymeriske substans. Et eksempel på en biofilm er den plak, der gror på vores tænder, når vi ikke har børstet tænder i et stykke tid.

Biofilm er også involverede i en række sygdomme. Man har store problemer med dannelse af sygdomsfremkaldende biofilm, når man indsætter kunstigt materiale i kroppen – fx en kunstig hofte. Derfor har Mira sat sig for at opnå en bedre forståelse af, hvordan biofilm dannes.

Extracellulært DNA

Mira fokuserer især på en del af den extracellulære polymeriske substans, der kaldes extracellulært DNA (eDNA). De fleste tænker kun på DNA i forbindelse med det arvemateriale, der findes i alle celler. Der er dog andre funktioner for DNA end funktionen som arvemateriale. Dette er eDNA et eksempel på. eDNA findes udenfor cellerne og stabiliserer bakterierne i biofilmen. Det spiller altså en strukturel rolle. Mira undersøger, om eDNA også spiller en rolle i fastgørelsen af de første bakterier til en overflade, som er det første skridt i dannelsen af en biofilm.

Flotte billeder

En stor del af Miras tid går med at tage billeder med et fluorescensmikroskop. Her farver man sin prøve med forskellige farver, der binder til specifikke stoffer. Mira brugte farven TOTO1 til at farve eDNA (hvilket er grønt i figuren), og SYTO 60 til at farve bakterierne (hvilket er rødt i figuren). Ved at tage sådanne billeder under forskellige betingelser kan Mira sige noget om betydningen af eDNA. Hun har for eksempel prøvet helt at fjerne eDNA ved hjælp af enzymet DNase, og hun kunne se, at der dannedes meget mindre mængder biofilm under sådanne betingelser. Mira har halvandet år tilbage og arbejder videre med at forstå, hvordan biofilm dannes, så vi i fremtiden kan undgå dannelsen af sygdomsfremkaldende biofilm.

Skrevet af Christina Krogsgård Nielsen